SWI/SNF染色质重塑复合物缺失后的多组学分析[SWISNF ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE347884

标准获取流程：

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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SWI/SNF是一个多亚基染色质重塑复合物家族，由BAF、PBAF和ncBAF组成。这些复合物在转录、复制和修复等细胞过程中具有多种作用，并在维持基因组稳定性方面发挥重要作用，超过20%的所有癌症在SWI/SNF亚基中存在有害突变。我们在广泛使用的细胞系RPE1中通过工程化共享亚基和复合物特异性亚基的功能丧失突变，以及使用小分子处理急性降解或抑制SWI/SNF，来模拟SWI/SNF功能障碍。为了分析这种功能障碍的功能后果，我们进行了转录组分析，并将其与全细胞和染色质结合蛋白质组进行比较。引人注目的是，转录组中SWI/SNF依赖性的变化与蛋白质水平的变化相关性较差，而全蛋白质水平的变化与结合到染色质的蛋白质变化相关性良好。

蛋白质动态的比较分析显示，急性和慢性SWI/SNF缺失均导致cohesin和CTCF与染色质的结合减少，且SWI/SNF重塑活性是维持cohesin在染色质上所必需的。值得注意的是，SWI/SNF缺失还导致cohesin和CTCF定位到基因组中的新区域，且这种错误定位模式表现出亚基特异性，提示不同的SWI/SNF复合物对cohesin定位具有非冗余的影响。重要的是，我们发现SWI/SNF与cohesin之间的关系具有功能重要性，缺乏SWI/SNF的细胞对cohesin的扰动表现出显著敏感性。我们的结果凸显了SWI/SNF复合物作为cohesin动态的关键调控因子，并揭示了一种对由SWI/SNF失调驱动的癌症具有治疗潜力的脆弱性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。