GSE339480：兼容scRNA-seq的慢病毒条形码系统解析HNSCC细胞治疗相关克隆选择与转录状态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339480

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症治疗反应受肿瘤细胞群体中预先存在的异质性及治疗相关选择的共同影响。本研究将一种兼容单细胞RNA测序的慢病毒BC24条形码系统应用于FaDu下咽鳞状细胞癌细胞，以在细胞毒性治疗反应过程中将克隆身份与转录细胞状态相关联。我们对带条形码的FaDu细胞进行了10x Genomics单细胞RNA测序分析，并从扩增的cDNA中靶向回收表达的BC24谱系条形码。该数据集可用于分析未处理及治疗选择的FaDu细胞，包括顺铂和照射相关的转录重塑、条形码定义的克隆富集，以及治疗相关克隆选择与预先存在的上皮细胞状态之间的关系。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。