GSE334571：气液界面人肺泡细胞系博来霉素暴露的RNA测序与RRBS分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334571

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

一种非致瘤性单克隆肺肺泡上皮细胞系(Arlo)，能够形成紧密的单层屏障，在气液界面(ALI)暴露于亚致死浓度(0、20、60、100 µg/mL)的促纤维化剂博来霉素，并使用整合了功能、转录组和表观基因组终点的NAM工作流程进行评估。转录组特征的剂量依赖性建模重现了博来霉素诱导上皮损伤的已知机制，与纤维化AOP中的早期关键事件一致，从而能够预测下游的不良结局。还将博来霉素暴露的上皮细胞转录组特征与博来霉素暴露小鼠模型的公开可用数据进行了比较，并将其叠加在人类肺纤维化患者活检公开可用数据的基于网络的表示之上。体外Arlo NAM的表现与小鼠模型相当，尤其是在观察急性暴露环境下对细胞外基质(ECM)重塑的影响方面。

表观基因组分析还识别出与上皮-间质转化（EMT）相关的甲基化改变，提示亚致死性暴露后可能通过表观遗传调控实现长期的基因表达调节。关键的转录组和细胞因子表达反应在独立实验中得到了验证，并显示在去除暴露后6天仍然存在，表明存在持续的促纤维化特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。