Trim28缺失导致肾单位祖细胞肾脏发育和功能受损数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327974

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

TRIM28基因编码一种参与多种分子过程的转录调控因子。TRIM28的失活与Wilms瘤的上皮亚型相关，Wilms瘤是最常见的儿童肾脏恶性肿瘤。因此，TRIM28也可能影响早期肾脏形态发生。为研究其在肾发生中的作用，我们分析了Trim28条件性敲除（Trim28Δ/Δ）小鼠。我们发现，在肾单位祖细胞中敲除Trim28会导致出生后早期死亡和肾脏重量减轻。虽然所有肾脏结构均存在，但近端小管（PTs）排列紊乱。转录组分析揭示了Trim28缺失后逆转录元件表达具有细胞类型特异性的失调。对scRNA-seq数据的进一步分析显示，肾单位祖细胞（NPCs）频率降低，PT细胞增多，并明显向炎症基因表达模式转变。虽然在Trim28Δ/Δ肾脏中未发现肿瘤形成的证据，但Trim28Δ/Δ祖细胞中的差异表达基因反映了翻译减少，这与在TRIM28突变肿瘤来源的NPCs中观察到的模式相似。

因此，我们的数据表明，TRIM28主要影响神经祖细胞（NPCs）和近端小管细胞（PT cells）的维持与分化，以及它们后续的功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。