胸膜间皮瘤靶向空间转录组图谱（10x Genomics Xenium）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327347

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对来自4例患者的7份福尔马林固定石蜡包埋的胸膜间皮瘤肿瘤样本，使用10x Genomics Xenium平台进行了靶向空间转录组分析。所用panel为Xenium Human Immuno-Oncology panel，并补充了100个额外定制基因，这些基因选自已知的胸膜间皮瘤生物标志物以及单细胞RNA-seq衍生的标记基因。每个样本均提供了原始和处理后的Xenium文件。为确保下载的Xenium文件数据完整性，在“Xenium_GEO.md5”中提供了md5校验和。该数据集是一项多模态研究的一部分，该研究包括配对的scRNA-seq、bulk RNA-seq以及来自重叠胸膜间皮瘤样本的Xenium空间转录组学数据。相关的受控访问测序数据可在dbGaP中以登录号phs004285获取。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。