GATA6缺失驱动的谱系可塑性促进结直肠癌转移 [GATA6_CUT&RUN]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE326231

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

结直肠癌（CRC）肝转移是CRC相关死亡的主要原因，然而驱动这一过程的遗传和表观遗传因素仍知之甚少。在此，我们通过对肝转移来源的类器官进行连续原位移植，建立了一个促转移性CRC类器官库。整合RNA-seq和ATAC-seq分析鉴定出一个以多谱系可塑性为特征的促转移特征，包括胎儿样和基底样/鳞状转录程序。基序和转录因子活性分析确定GATA6是这些表观遗传改变的关键调控因子。GATA6表达在肝转移中下调，其基因敲除增强了肝转移，而对原发肿瘤生长影响甚微。机制上，GATA6缺失触发了促转移转录程序，包括胎儿样和基底样/鳞状状态，并伴随LGR5⁻细胞生成。这由直接抑制HNF4A和H3K27ac增加所介导，且独立于SOX17发生。总之，这些发现确定GATA6缺失是多谱系可塑性的核心调控因子，驱动CRC肝转移。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。