CALCOCO2 敲低对 HDMB03 Group 3 髓母细胞瘤细胞的影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324649

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓母细胞瘤（MB）是最常见的儿童恶性脑肿瘤，其中第3组疾病代表最具侵袭性和治疗难治性的亚型。尽管采用了强化的颅脊放疗，预后仍然很差，且放疗抵抗的分子基础尚不清楚。在此，我们确定CALCOCO2是第3组MB侵袭性和放疗抵抗的关键决定因素。CALCOCO2在第3组肿瘤中显著上调，其高表达与不良临床结局相关。我们表明CALCOCO2受发育因子OTX2的转录调控，定义了一个此前未被认识的轴，该轴维持一种祖细胞样、允许转化的状态。在功能上，核内CALCOCO2通过参与POLθ依赖的替代末端连接，促进辐射诱导的DNA双链断裂的高效修复。破坏CALCOCO2–POLθ通路会损害DNA修复，使肿瘤细胞对放疗敏感，并在体外和体内抑制肿瘤生长。这些发现揭示了第3组MB中一种由发育程序决定的DNA修复依赖性，并突显POLθ抑制作为克服治疗抵抗的合理策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。