GSE32299：VHL-HIF信号输出的表观遗传扩展驱动肾癌多器官转移

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE32299

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

von Hippel-Lindau抑癌基因（VHL）的失活是透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中一种典型的肿瘤起始事件，可导致缺氧诱导转录因子（HIFs）的激活。然而，ccRCC中VHL的突变状态与临床结局并不相关。本研究表明，在ccRCC进展过程中，癌细胞利用多种表观遗传学改变来增强VHL-HIF通路的一个分支以促进转移，且该激活强度与不良临床结局相关。通过分析VHL缺陷型ccRCC细胞的转移亚群，我们发现了一种转移性ccRCC所特有的表观遗传学改变的VHL-HIF应答。聚焦于两个最显著的促转移VHL-HIF靶基因，我们证明多梳抑制复合物2（PRC2）依赖性组蛋白H3第27位赖氨酸三甲基化（H3K27me3）的缺失可激活HIF驱动的趋化因子（C-X-C基序）受体4（CXCR4）表达，从而支持趋化性细胞侵袭；而DNA甲基化的缺失则使HIF驱动的细胞黏附素1相互作用蛋白（CYTIP）表达得以实现，以保护癌细胞免受死亡细胞因子信号的杀伤。

因此，ccRCC中的转移基于肿瘤起始途径的表观遗传学扩增输出。本超级系列由下列子系列组成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。