罕见胰腺横纹肌样癌空间转录组图谱[CosMx]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320290

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胰腺未分化癌伴横纹肌样特征是一种罕见且致命的变异型，仅占所有胰腺癌病例的2-7%。本文报告一例单患者病例，并进行了深入的分子特征分析，包括全外显子DNA测序以及GeoMx/CosMx空间转录组分析。DNA突变分析表明，该病例具有野生型KRAS和完整的SMARCB1/INI1，而这两者在胰腺癌及伴有横纹肌样特征的胰腺癌中通常发生突变。OncoKB基因面板分析显示，TP53、KMT2C、KMT2D存在功能缺失突变，BRAF存在功能获得性突变。该突变谱在此罕见胰腺癌变异型中尚未见报道。对肿瘤切片及邻近胰腺组织的空间RNA分析揭示了转录上不同的肿瘤细胞类型，以及邻近组织中不同的细胞类型。该病例独特的转录组特征和突变谱凸显了胰腺癌的异质性，即使在罕见变异型中也是如此，强调需要进行早期基因组分析以识别可操作的突变（如BRAF），这些突变可能对靶向治疗产生应答。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。