口腔黏膜下纤维化及其恶性转化的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319719

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数据说明

口腔黏膜下纤维化（Oral Submucous Fibrosis, OSMF）是一个重大的全球性口腔健康问题，尤其在印度高发，且具有进展为口腔鳞状细胞癌（Oral Squamous Cell Carcinoma, OSCC）的高风险。本研究利用转录组学分析技术，探讨OSMF向OSCC转化过程中涉及的分子机制。方法：采用Illumina兼容的NEXTflex快速定向RNA测序技术，对新鲜的原发性OSCC样本（n=8）、OSMF转化为OSCC的样本以及正常口腔黏膜样本（各n=5）进行高通量RNA测序。结果：上调基因与细胞因子和免疫反应（ABRA、TTTY14、EIF1AY）、细胞增殖与凋亡（LINC00314、RPS4Y1、SERPINA5、TRIM63、FABP7）以及能量代谢相关，提示恶性进展过程中存在代谢适应。通路分析显示TNNT1、TNNI1、MYL4和ACTN3表达升高，提示肌肉发育和胚胎通路参与了OSMF的转化过程。

相反，与上皮分化和角化相关的基因（FLG、FLG2、HRNR、TCHH、KRT73）、免疫调节和肿瘤抑制相关的基因（HLA-G、UNC5D）以及代谢信号传导相关基因表达下调，反映了组织完整性和免疫控制的丧失。结论：观察到的基因失调突显了上皮屏障功能受损、免疫反应改变以及转移潜能增强，这些因素共同促进了OSMF相关OSCC的癌变过程及不良预后。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。