帕金森环境毒素暴露人神经元模型的染色质可及性与转录组 [ATAC-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE315113

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

帕金森病是一种复杂的神经退行性疾病，在散发病例中环境因素起主要作用。虽然环境毒素通过表观遗传途径参与帕金森病的发病机制，但这些毒素引起的染色质可及性具体改变仍鲜有表征。为填补这一空白，我们利用人神经母细胞瘤细胞系SH SY5Y（一种成熟的神经元模型）建立了体外模型，并将其暴露于帕金森病相关环境毒素鱼藤酮和MPP+。我们进行了RNA测序以分析转录组，并采用转座酶可及性染色质测序来绘制毒素暴露条件下全基因组染色质可及性图谱。这一整合数据集提供了全面的资源，详细描述了响应帕金森病相关环境神经毒素的基因表达和染色质可及性动态变化，并将促进对转录调控、生物标志物发现以及环境相关散发性帕金森病表观遗传基础的研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。