转录调控因子图谱揭示TOX3是小脑发育与肿瘤发生中Atoh1的共激活因子

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE312658

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数据说明

器官发育与功能由复杂的转录回路所编排。在此，我们呈现了一个全面图谱，描绘了胎儿、新生儿及成年小鼠大脑、小脑、心脏、肾脏、肝脏、卵巢和睾丸中1，904个转录调控因子的概况。利用这一数据集，我们发现了TOX高迁移率族盒家族成员3（TOX3）作为小脑颗粒神经元前体细胞中Atoh1的潜在共激活因子。Tox3缺陷小鼠表现出严重共济失调和小脑发育不全，这是由颗粒神经元前体细胞耗竭、Atoh1表达减少以及原发性纤毛受损所驱动的。单核RNA测序分析揭示了前体细胞池维持的受损。TOX3在髓母细胞瘤的某些亚群中也高度表达，其缺失减少了小脑肿瘤的发生并延长了小鼠模型的生存期。从机制上讲，诸如Atoh1这类定义谱系的因子如何在内在转录激活活性较弱的情况下驱动强大的基因表达，目前尚不清楚。

我们发现Tox3与Atoh1物理结合，并共同占据共享的调控元件，将一个原本微弱的单拷贝Atoh1响应E-box转化为高度活跃的增强子，驱动转录激活高达120倍，包括在Atoh1自身下游的一个超保守E-box处。跨物种单细胞比较进一步表明，Tox3表达与脊椎动物进化过程中小脑扩张之间存在关联。总之，这项工作支持Tox3作为小脑发育、肿瘤发生和进化中关键的Atoh1共激活因子，同时提供了一个图谱和筛选策略，作为探索器官发生和组织生理学中新型转录调控因子的宝贵资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。