BAP1突变在基因编辑胆管癌类器官中的功能表征：细胞死亡与药物反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308455

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胆管癌（CCA）是一种遗传异质性的胆管恶性肿瘤，有效治疗手段有限，化疗反应差异较大。BRCA1相关蛋白1（BAP1）是一种在CCA中频繁突变的抑癌基因，编码一种参与染色质重塑和细胞死亡调控的核内去泛素化酶。本研究利用患者来源及先导编辑的CCA类器官（CCAOs），探讨了BAP1突变在程序性细胞死亡和药物反应中的作用。BAP1突变类器官表现为凋亡和坏死性凋亡激活受损，证据为cleaved caspase-3和pMLKL表达降低。转录组分析揭示了BAP1依赖的基因表达变化，包括应激反应、离子转运和代谢解毒相关通路的富集。有趣的是，BAP1突变CCAOs对索拉非尼（一种常用于胆道癌的多激酶抑制剂）表现出增强的敏感性。这些发现凸显了BAP1作为细胞死亡调控因子以及CCA中索拉非尼反应潜在预测生物标志物的作用，对个性化治疗设计具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。