DNA修复缺陷HCT116细胞经RTX或5FdUR处理的胸苷酸合成酶RIP-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307531

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胸苷酸合成酶（TS）是胸苷酸生物合成中的关键酶，也是5-氟-2’-脱氧尿苷（5FdUR）和雷替曲塞（RTX）等化疗药物的既定靶点。抑制TS会破坏dUTP与dTTP的平衡，导致尿嘧啶错误掺入、无效的碱基切除修复循环、DNA链断裂，最终引起细胞死亡。除催化功能外，TS还能结合RNA，对自身翻译进行自调控，并与p53、c-myc等转录本相互作用，从而将TS活性与更广泛的转录后调控网络联系起来。为更好地理解TS抑制药物如何影响这一网络，我们对经5FdUR或RTX处理的错配修复缺陷、UNG受抑制的HCT116结肠癌细胞进行了TS偶联RNA免疫共沉淀（TS-RIP）及测序。TS-RIP不仅揭示了已知的p53和TS mRNA，还发现了TS的RNA结合靶点。我们的研究结果强调了TS抑制的多方面影响，将酶促功能破坏与RNA水平调控联系起来，并揭示了细胞反应中药物特异性的差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。