肺泡干细胞-微环境相互作用图谱数据集[II]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307128

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞图谱揭示了多样的细胞表型，但细胞如何在这一表型景观中穿行以影响组织，仍需系统研究。我们提出了一种肺泡球筛选平台，用于研究肺上皮干细胞与其成纤维细胞微环境之间的相互作用。我们通过成像评估了201个候选基因在干细胞中的作用，随后利用RNAseq分析从转录组层面理解对干细胞的细胞自主效应以及对微环境的非细胞自主效应。这一表型-转录组图谱揭示了调控干细胞生长、代谢和免疫信号传导的新细胞状态和通路。值得注意的是，干细胞影响了成纤维细胞中的瘢痕形成程序和免疫程序。这种损伤反应依赖于干细胞身份；Nkx2.1（赋予肺上皮身份的转录因子）的缺失破坏了干细胞-微环境相互作用，并且比消除癌症基因Trp53、Egfr或Cdkn2b具有更大的非细胞自主效应。我们的研究凸显了功能图谱如何补充描述性方法所揭示的细胞多样性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。