GSE306664：新型IFNs转录组图谱揭示不同人类疾病中不同免疫细胞的I型和II型IFN差异应答

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306664

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数据说明

干扰素（IFNs）是介导广泛免疫反应的关键细胞因子，参与宿主防御、自身免疫疾病和癌症等多种过程。为了在单细胞分辨率下探究不同人类免疫细胞对不同类型的IFN的响应，我们通过使用IFN-α、IFN-β、IFN-γ和IFN-λ1刺激，生成了一个新的单细胞转录组数据集，涵盖了多种人类免疫细胞亚群。我们不仅发现经典的IFN刺激基因（ISGs）在多个免疫细胞亚群中高度上调，而且每个免疫细胞亚群对IFN-α或IFN-γ刺激还表现出独特的基因集。此外，许多在IFN-α和IFN-γ之间共享的ISGs的表达倍数变化存在差异，这促使我们利用这些独特特征开发了一种新的评分方法。为了从多种不同人类疾病中获得I型和II型IFN反应的全貌，我们将该工具应用于几个已发表的scRNAseq数据集，这些数据来自已知IFN反应升高的患者。

我们还将此应用于一组新诊断的多发性骨髓瘤（NDMM）患者的新队列，并进行了横断面和纵向分析，以探索NDMM中IFN反应，与健康对照及接受诱导治疗后（含或不含达雷妥尤单抗）的NDMM患者进行比较。我们发现，在NDMM中，循环蛋白IFN-α2A、IFN-β和IFN-γ水平较高，且所有循环免疫细胞中I型和II型IFN评分均升高。诱导治疗仅降低了I型IFN反应，尤其是在CD14单核细胞中，以及循环IFN-α。我们离体数据集中的已知ISGs和新型细胞类型特异性ISGs均能在体内NDMM中重现。我们的工作为了解免疫细胞类型对IFNs的特异性反应提供了见解，并为从人类疾病中剖析不同的IFN反应提供了新的清晰度。借助我们的云基探索工具，这一新工具可轻松被众多研究者使用，以进一步拓展人类IFN研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。