GSE305768：SMARCA5 连接组蛋白乳酸化与代谢重编程及免疫逃逸

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305768

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

赖氨酸乳酰化是一种由乳酸诱导的翻译后修饰，将细胞代谢与生物过程联系起来。然而，这种组蛋白标记在癌症中的功能作用在很大程度上仍未被探索，部分原因是对其阅读蛋白缺乏了解。在此，我们确定SMARCA5是H3K18la的真正效应器。转录组学、代谢组学和表观遗传学分析揭示了众多SMARCA5靶基因，富集于包括HK2、PFKM和LDHA在内的代谢调控因子。我们进一步证明，SMARCA5通过将MYC招募到糖酵解基因的启动子来促进糖酵解活性。肿瘤糖酵解产生的乳酸升高同样会增加CD8+ T细胞中的H3K18la水平，并诱导抑制性受体表达。因此，糖酵解/H3K18la/SMARCA5/MYC正反馈环路加剧了肿瘤代谢并促进免疫逃逸。LDHA的药理学抑制剂通过中断该环路，可减弱免疫逃逸并使癌细胞对免疫治疗敏感。总之，我们提出SMARCA5是真正的H3K18la阅读器，通过将细胞代谢与表观遗传调控耦合来促进肿瘤进展和免疫逃逸。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。