CDK8抑制解除融合驱动肺泡横纹肌肉瘤肌分化阻滞 [CUT&RUN]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE303151

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

腺泡状横纹肌肉瘤（aRMS）是一种由融合基因驱动的儿童肿瘤，生存率低且治疗选择有限。为揭示新的脆弱性，我们对功能基因组数据集（Depmap）进行了基于复合物的分析，发现CDK8是aRMS中的一个新的依赖性靶点。CDK8敲除或药物抑制均可在体外和体内损害肿瘤细胞生长并诱导肌源性分化。与基因缺失相比，CDK8抑制诱导了更动态的转录变化，提示CDK8抑制剂具有不同的功能获得机制。通过全基因组CRISPR-Cas9药物修饰筛选，我们确定CDK8抑制剂的最大抗肿瘤活性需要Mediator激酶模块的存在以及与SAGA复合物的转录协同。我们进一步鉴定SIX4是介导CDK8抑制剂诱导的肌源性分化基因转录激活和肿瘤细胞增殖的关键转录因子。这些发现为CDK8抑制作为aRMS中诱导分化的治疗策略提供了强有力的依据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。