结晶二氧化硅诱导肺毒性机制全局基因表达谱（A549细胞数据集2）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE30200

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

正确理解晶体二氧化硅诱导的肺毒性机制，对于管理和潜在预防与二氧化硅暴露相关的健康不良效应（包括硅肺病、癌症和几种自身免疫性疾病）具有重要意义。本研究采用暴露于晶体二氧化硅的人肺II型上皮细胞和大鼠肺作为实验模型，以确定全局基因表达变化，从而理解二氧化硅诱导肺毒性的分子机制。二氧化硅诱导的差异基因表达谱与其在A549细胞中的毒性相关。通过生物信息学分析差异表达基因，发现A549细胞和大鼠肺中二氧化硅暴露扰动的生物学过程显示出显著的相似性。对差异表达基因的功能分类确定了癌症、细胞运动、细胞生长与增殖、细胞死亡、炎症反应、细胞周期、细胞发育和遗传性疾病为A549细胞和大鼠肺中二氧化硅暴露扰动的顶级生物学功能。

通过ELISA和共聚焦显微镜分析分别对暴露于二氧化硅的A549细胞进行检测，证实了氧化应激和细胞凋亡参与二氧化硅诱导的肺毒性。我们的研究结果不仅证实了先前已确定的几个参与二氧化硅毒性的分子靶点和机制，还发现了可能参与二氧化硅诱导肺毒性的新分子靶点和机制。进一步的研究，包括针对本研究中发现的新分子靶点和机制的研究，可能会带来更好的管理，并可能减少和/或预防与结晶二氧化硅暴露相关的潜在不良健康影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。