SWI/SNF染色质重塑复合物缺失后的多组学分析揭示黏连蛋白结合全局变化及对黏连蛋白扰动敏感性[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301318

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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

SWI/SNF是一个多亚基染色质重塑复合物家族，由BAF、PBAF和ncBAF组成。这些复合物在转录、复制和修复等细胞过程中具有多种作用，并在维持基因组稳定性方面发挥重要作用，超过20%的所有癌症在SWI/SNF亚基中存在有害突变。我们在广泛使用的细胞系RPE1中通过工程化共享亚基和复合物特异性亚基的功能缺失突变，以及使用小分子处理急性降解或抑制SWI/SNF，来模拟SWI/SNF功能障碍。为了分析这种功能障碍的功能后果，我们进行了转录组分析，并将其与全细胞和染色质结合蛋白质组进行比较。引人注目的是，转录组中SWI/SNF依赖性的变化与蛋白质水平的变化相关性较差，而全蛋白质水平的变化与结合到染色质的蛋白质变化相关性良好。

蛋白质动态的比较分析揭示，无论是急性还是慢性SWI/SNF缺失，均导致cohesin和CTCF与染色质的结合减少，且SWI/SNF的重塑活性对于维持cohesin在染色质上的稳定性至关重要。值得注意的是，SWI/SNF缺失还促使cohesin和CTCF定位到基因组的新区域，这种错位模式显示出亚基特异性，暗示不同的SWI/SNF复合体对cohesin定位具有非冗余的影响。重要的是，我们发现SWI/SNF与cohesin之间的关系在功能上具有重要意义，缺乏SWI/SNF的细胞对cohesin的扰动表现出显著的敏感性。我们的研究结果强调了SWI/SNF复合体作为cohesin动态的关键调节者，并揭示了一种对由SWI/SNF失调驱动的癌症具有治疗潜力的脆弱性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。