GSE29985：ChIP-on-Chip鉴定ARX靶基因——一个与智力障碍和癫痫相关的转录因子

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE29985

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数据说明

对X连锁智力障碍的遗传学研究已将ARX（Aristaless相关同源盒）基因牵涉进一个广泛的疾病谱，涵盖从以严重神经元迁移缺陷（如无脑回畸形）为特征的表型，到无显著脑部异常但伴有肌张力障碍和癫痫相关特征的轻度或中度智力障碍。对小鼠中Arx时空定位谱的分析显示，其表达见于端脑结构，主要局限于各发育阶段的GABA能神经元群体。此外，对人类和动物模型中ARX功能丧失效应的研究揭示了多种缺陷，提示该基因在脑发育过程中具有多重作用。然而，迄今为止，关于ARX如何作为转录因子发挥作用及其靶标的性质所知甚少。为更好地理解其作用，我们将染色质免疫沉淀与mRNA表达结合微阵列分析，在转染的神经母细胞瘤（N2a）细胞和小鼠胚胎脑中鉴定出共计1006个由Arx结合的基因启动子。

其中一些启动子富集了与先前鉴定为Arx结合基序高度相似的序列，约24%的Arx结合基因在Arx过表达或敲低后表现出表达变化。我们鉴定的若干Arx靶基因已知对脑发育中的多种功能至关重要，包括轴突导向和突触可塑性，其中一些基因提示了Arx的新功能。总体而言，这些结果鉴定了多个新的Arx候选靶标，应有助于更好地理解与ARX突变相关的智力障碍和癫痫的病理生理机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。