喉鳞状细胞癌从癌前病变到癌变的单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297537

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

喉鳞状细胞癌（LSCC）是一种重要且侵袭性强的头颈部癌症类型，主要起源于喉部的癌前病变。然而，从喉癌前病变进展为癌的机制尚不清楚。为解决这一问题并提供治疗候选方案，我们汇编了来自患者样本的喉癌前病变、原位癌和鳞状细胞癌的单细胞转录组图谱。我们揭示了这些病变复杂的细胞景观，发现了疾病进展不同阶段中不同的细胞群体及其独特的转录谱。值得注意的是，我们的分析识别出喉癌前病变中一个关键的上皮细胞亚型，其特征为TOP2A、HMGB2和PTTG1的表达，与侵袭性LSCC行为相关。在该TOP2A+HMGB2+PTTG1+亚群中， polo样激酶-1（PLK1）成为关键的治疗靶点。进一步研究表明，中药复方热炎宁合剂的衍生成分槲皮素能有效靶向并抑制PLK1活性，从而减少细胞增殖。

因此，本研究为理解癌前病变进展提供了新的视角，并为临床干预提供了潜在的候选方案。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。