KSHV病毒环状RNA在潜伏与裂解复制中对病毒及宿主基因表达的贡献

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293213

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

目的：环状RNA（circRNA）是一类由反向剪接产生的非编码单链RNA，反向剪接是指RNA的5‘端和3’端通过共价键连接的过程。在γ疱疹病毒亚科的多个成员中已鉴定出病毒编码的circRNA，包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）。在KSHV中，病毒干扰素调节因子4（vIRF4）区域产生两种circRNA异构体（circ-vIRF4），在潜伏期和再激活期均可检测到。由于这些circRNA在潜伏期表达，而潜伏期是病毒转录受到严格限制且肿瘤发生的时期，因此circ-vIRF4可能促进KSHV恶性肿瘤的发展。因此，本研究旨在表征vIRF4 circRNA的功能。方法：在BAC16 bacmid中构建KSHV突变体（Δcirc-vIRF4），并转染至293T和iSLK细胞。通过定性和定量PCR评估诱变后circRNA的表达。同时通过RNA-seq评估iSLK细胞在病毒潜伏期和再激活期宿主和病毒基因的表达。

结果：对感染Δcirc-vIRF4的iSLK细胞进行RT-PCR检测，未发现野生型异构体的表达，但PCR克隆显示，使用了替代反向剪接位点来表达新的vIRF4环状RNA，其中最主要的异构体为1,020 nt的异构体。通过RNA-seq分析比较感染WT和Δcirc-vIRF4的iSLK细胞，发现在病毒生命周期的两个阶段，宿主和病毒基因均存在显著的差异表达。基因本体分析显示，两个数据集均涉及细胞粘附、增殖和迁移相关条目，而裂解期数据集还涉及激酶信号传导和凋亡。结论：这些结果表明，在缺乏经典剪接位点的情况下，KSHV能够切换到替代反向剪接位点来产生vIRF4环状RNA，并且circ-vIRF4通过一种未知机制参与调节宿主和病毒基因的表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。