EWS::FLI1波动动态建模揭示Ewing肉瘤表型肿瘤可塑性与预后的分子决定因素 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291060

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

驱动肿瘤细胞可塑性从而导致耐药和疾病进展的机制仍知之甚少。在尤文肉瘤（EwS）中，EWS::FLI1（EF）活性的变化与上皮-间质可塑性（EMP）相关。利用degron技术，我们在EwS细胞系中对内源性EF进行了梯度调控，并将表型状态与不同的EF阈值相关联。引人注目的是，适度的EF耗竭促进了促转移表型，而近乎完全的EF缺失则使该表型减弱。转录组分析揭示了对不同EF剂量具有异质性响应模式的独特基因簇。对细微EF耗竭最为敏感的靶基因在EF结合的增强子中含有GGAA微卫星。此外，我们发现Krüppel样锌指转录因子与EF抑制的EMP基因相关。在短暂部分耗竭后恢复EF，鉴定出与不良预后相关的持续失调基因。本研究强调了EF抑制不充分所带来的治疗挑战，并为利用癌蛋白动态变化揭示融合驱动癌症的治疗脆弱性奠定了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。