双价小分子重编程Ewing肉瘤融合癌蛋白EWSR1::FLI1的ATAC-seq数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE290893

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转录失调是癌症的一个决定性标志。近年来，新型化学诱导邻近方法使得利用双价小分子重编程转录机器以驱动促凋亡基因表达成为可能。在本研究中，我们证明该策略适用于重新定位DNA结合的转录机器，例如常驱动儿童恶性肿瘤的融合转录因子。利用这些双价化合物靶向融合转录因子（如尤文肉瘤中的EWSR1::FLI1）可能开辟新的治疗途径。在此，我们开发了一种小分子EB-TCIP，可将带有FKBP12F36V标签的EWSR1::FLI1招募至转录调节因子BCL6结合的DNA位点，导致快速的染色质重塑和BCL6靶基因的表达。这一概念验证研究表明，具有先锋转录因子活性的DNA结合蛋白（如EWSR1::FLI1）可在染色质上被重新定位，以诱导被抑制基因的表达。本文的见解将指导未来重编程DNA结合转录机器的双价分子的开发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。