结直肠癌肿瘤微环境免疫细胞群的高清空间图谱

该数据集来自 NCBI GEO,标题为利用高清空间分析刻画结直肠癌肿瘤微环境中的免疫细胞群,属于 SuperSeries,由若干 SubSeries 组成

geo
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基因组分类GPL246769606
GSE280318: Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironment of colorectal cancer using high definition spatial profiling

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-26

资源简介

结直肠癌肿瘤微环境免疫细胞群的高清空间图谱

GSE280318 是一个来自 NCBI GEO 的肿瘤研究数据集,标题为“利用高清空间分析刻画结直肠癌肿瘤微环境中的免疫细胞群”。该数据集属于 SuperSeries 类型,由若干 SubSeries 组成,主题涉及高通量测序的表达谱分析,物种为人类(9606),平台编号为 GPL24676。数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE280318_series_matrix.txt.gz,作者为 Juan、Pablo、Romero,发布时间为 2024 年 10 月 25 日。该数据集面向结直肠癌肿瘤微环境中免疫细胞群的空间刻画研究,适合需要了解肿瘤免疫微环境表达谱的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中的免疫细胞群研究。结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤,其肿瘤微环境中免疫细胞的组成、分布与状态对肿瘤发生发展和治疗响应具有重要影响。高清空间分析技术能够在保留组织空间结构的前提下刻画细胞群体,为理解免疫细胞在肿瘤组织中的空间组织方式提供了新的视角。该数据集以 SuperSeries 形式组织,汇集了若干 SubSeries,用于支撑上述研究主题的表达谱分析。

【数据内容】

数据集的主题标签为“Expression profiling by high throughput sequencing”,表明其数据来源于高通量测序的表达谱分析。物种信息为人类(9606),平台编号为 GPL24676。数据集当前包含 1 个文件,样例文件名为 GSE280318_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵文件,通常用于汇总样本层面的表达信息。关于样本数量、具体基因或转录本数量、分组设计等更细粒度的内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),源站描述指出这是一个 SuperSeries,由下列 SubSeries 组成。作者为 Juan、Pablo、Romero,发布时间为 2024 年 10 月 25 日。关于样本采集的具体组织类型、患者数量、临床信息以及测序平台的具体型号等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于结直肠癌肿瘤微环境免疫细胞群相关的表达谱研究,可用于了解高清空间分析在该研究主题下的数据组织方式。研究者可将其作为肿瘤免疫微环境研究的参考数据,用于表达谱层面的探索性分析。由于数据集为 SuperSeries,使用者还可关注其下属 SubSeries 以获取更细分的子数据集。关于具体的分析应用场景与验证结论,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE280318_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式。建议先按文件格式解压并读取,在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。对于 SuperSeries 结构,建议同时查看其下属 SubSeries 的数据组织方式,以便完整理解数据层次。关于具体的读取工具与参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 SuperSeries,源站描述仅说明其由若干 SubSeries 组成,未提供各 SubSeries 的具体内容与质控信息。数据集当前仅列出 1 个文件,样本规模、测序深度、数据完整性等质量相关指标源站未提供。使用者在分析前应自行核对数据字段与编码,并结合研究目的评估数据适用性。关于数据的具体限制与偏差,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Juan、Pablo、Romero,发布时间为 2024 年 10 月 25 日,来源站为 NCBI GEO。使用时应遵循 NCBI GEO 的相关数据使用政策,并在研究成果中引用该数据集及其原始文献。关于具体的许可条款与引用格式,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE280318

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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