小学综合神经肌肉训练干预诱导疾病相关基因表观遗传修饰：全基因组DNA甲基化研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279803

标准获取流程：

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数据说明

已有研究表明，体育锻炼可诱导表观遗传修饰并产生多种健康影响，且直接作用于DNA甲基化。本研究的目标为：1）识别学龄儿童在接受为期3个月的综合神经肌肉训练（INT）后唾液中差异甲基化基因（DMGs）；2）探究这些基因中是否有被视为核心基因者，即对人类基因组具有重要意义的基因。另一个目标是在这些基因中定位与转录起始位点（TSS）及CpG位点相关的甲基化变化。从西班牙赫罗纳的学校招募了40名儿童（17名男孩和23名女孩），并将其分配至对照组（N=20）或INT组（N=20）。使用Illumina 900K微阵列进行全基因组DNA甲基化分析。基于其在富集通路中的参与、高连通性（≥10）以及作为关键转录因子的靶基因，使用生物信息学软件Metascape和Cytoscape以及ENCODE数据集来识别核心基因。对照组中有1200个DMGs，INT组中有414个DMGs（p<0.05）。

在差异甲基化基因（DMGs）筛选后，对照组中未发现核心基因，而INT组中鉴定出17个核心基因。值得注意的是，为期3个月的INT表观遗传修饰了17个在人类基因组中至关重要的基因，这些基因与炎症、脂肪代谢、蛋白质代谢、ATP结合与生长相关，也与代谢性、心血管、神经退行性疾病、肌肉骨骼疾病、癌症及多种综合征（如Noonan综合征、Perry综合征）相关。此外，88%的甲基化变化靠近转录起始位点（TSS），59%位于CpG岛。为期3个月的INT诱导了显著的表观遗传修饰，对学龄儿童疾病预防和健康促进具有潜在意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。