GSE278871：HMGA1作为结肠肿瘤发生中ASCL2和Wnt信号的表观遗传守门人

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE278871

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数据说明

突变细胞经历染色质可及性和基因表达的改变，导致异常增殖和分化，尽管这一过程如何发生尚不清楚。HMGA1染色质调节因子在干细胞中丰富，并在多种组织中具有致癌性；然而，其在结肠肿瘤发生中的作用才刚刚开始显现。在此，我们揭示了一个先前未知的表观遗传程序，即HMGA1在由炎症性微生物群和/或腺瘤性息肉病大肠杆菌（Apc）失活驱动的结肠肿瘤发生过程中放大Wnt信号。机制上，HMGA1“打开”染色质以上调干细胞调节因子Ascl2及下游Wnt效应因子，促进干细胞和潘氏样细胞状态，同时耗竭分化的肠上皮细胞。结肠上皮中仅一个Hmga1等位基因的缺失即可抑制由突变Apc和炎症性微生物群驱动的肿瘤发生和Wnt信号。然而，HMGA1缺陷在稳态条件下的结肠上皮中影响甚微。在人类结肠癌细胞中，HMGA1通过招募激活型组蛋白标记直接诱导ASCL2。沉默HMGA1可破坏致癌特性，而ASCL2的重新表达部分挽救了这些表型。

此外，HMGA1和ASCL2在人类结直肠癌中共表达并上调。总之，我们的结果确立了HMGA1在APC失活条件下作为Wnt信号和细胞状态的表观遗传守门人的地位，揭示了HMGA1作为结肠癌潜在治疗靶点的可能性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。