砷暴露对BEAS2B肺上皮细胞基因表达的影响 [RNA-seq; iAS转化]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE278218

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管表观遗传因素促进肿瘤发生，但大多数人类癌症模型仍假设疾病源于驱动DNA突变。因此，非遗传机制是否足以触发恶性转化仍不清楚。已知慢性、低剂量暴露于无机砷（iAs）会导致肺部恶性肿瘤，但低水平砷不会诱导点突变。在此，我们表明，iAs上调特殊AT富集结合蛋白2（SATB2），这是一种染色质组织者，可重编程细胞特异性和/或发育敏感型基因网络，从而在砷介导的BEAS2B细胞转化过程中驱动突变型KRAS样基因表达模式。因此，致癌通路可在哺乳动物细胞中被激活，而无需致癌基因或表观遗传调控因子中存在易感突变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。