全基因组CRISPR/Cas9筛选揭示影响肿瘤细胞对NK细胞杀伤敏感性的因素

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277690

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数据说明

背景 自然杀伤（NK）细胞对多种癌细胞类型表现出强效的细胞毒性活性。在过去五十年中，已采用多种方法来阐明NK细胞介导肿瘤控制的复杂分子机制。尽管在阐明NK细胞与肿瘤细胞之间的相互作用方面已取得显著进展，但调控NK细胞介导肿瘤细胞破坏的调节因素尚未完全明了。这包括NK细胞识别的多种肿瘤配体以及NK细胞用以消除肿瘤细胞的机制。方法 在本研究中，我们采用全基因组CRISPR-Cas9筛选方法结合功能性细胞毒性实验，以阐明调节结肠腺癌HCT-116细胞对NK细胞介导细胞毒性敏感性的蛋白质。结果 对与NK细胞共孵育后存活的HCT-116细胞中引导RNA（gRNA）分布的分析表明，ICAM-1是NKp44介导的免疫突触中的关键参与者，其中NKp44作为激活受体，对NK细胞消除HCT-116肿瘤细胞至关重要。

此外，凋亡或IFN-γ信号通路相关基因的破坏赋予了对NK细胞攻击的抗性。我们进一步阐明，NK细胞来源的IFN-γ在体外促进线粒体凋亡，并在体内对B16-F10肺转移发挥控制作用。结论：在基于NK细胞的治疗背景下，应考虑监测肿瘤细胞表面的ICAM-1水平或调节其表达。此外，考虑到IFN-γ的扩散特性，我们的发现强调了利用NK细胞来源的IFN-γ增强直接杀伤肿瘤细胞并通过细胞因子扩散促进旁观者效应的潜力，值得进一步研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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