多柔比星耐药涉及干扰素信号、转录爆发及U-ISGF3相关基因共表达模式调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE275330

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数据说明

我们研究了常用化疗药物多柔比星（DOX）在人结肠癌细胞中诱导的转录组改变。利用单细胞RNA测序，我们鉴定了亚毒性剂量DOX处理后出现的不同细胞群体及其转录谱，揭示了以细胞周期调控和干扰素（IFN）信号通路相关基因差异表达为特征的细胞簇。我们观察到，由IFN激活的JAK/STAT通路基因的表达与衰老标志物的表达不相关。相反，DOX持续存在的增殖细胞表现出由未磷酸化形式的ISGF3（U-ISGF3）转录因子诱导的基因上调。进一步分析显示，U-ISGF3通过调节每个转录爆发产生的mRNA数量来驱动靶基因表达，可能促进化疗耐药。重要的是，我们发现在多柔比星耐药的U-ISGF3依赖性细胞中，不良预后标志物HSH2D高度上调。

此外，基因共表达网络分析表明，DOX处理细胞中改变的网络（而非单个基因的表达水平）可能决定化疗后癌细胞的命运。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。