Ewing肉瘤中STAG2缺失改变依赖与不依赖EWS::FLI1的增强子-启动子接触

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE267221

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

携带STAG1或STAG2的黏连蛋白复合体将基因组组织成染色质环。STAG2功能缺失突变促进尤文肉瘤的转移，这是一种由融合转录因子EWS-FLI1驱动的儿童癌症。我们整合了来自患者和细胞模型的转录组数据，以识别与预后较差相关的STAG2依赖性基因特征。随后的基因组分析和来自Capture Hi-C的高分辨率染色质相互作用数据表明，黏连蛋白-STAG2促进作为新增强子的EWS-FLI1结合的长GGAA重复序列与其靶启动子之间的通讯。不依赖于EWS-FLI1结合的CTCF依赖性染色质接触变化也促成了侵袭性表型。STAG1无法补偿STAG2的缺失，染色质结合的黏连蛋白严重减少，而持续合成因子NIPBL的水平保持不变，导致DNA环化动力学改变。这些结果阐明了STAG2缺失如何重新连接尤文肉瘤染色质相互作用组以促进转移，并提供了一系列潜在的生物标志物和治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。