CDK9对SPT5的三位点磷酸化调控RNA聚合酶II暂停释放与延伸速率（CUT&RUN）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE265883

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA聚合酶II（RNAPII）转录周期在其整个持续过程中受蛋白质磷酸化调控。此前，延伸因子SPT5中由细胞周期蛋白依赖性激酶9（CDK9）磷酸化的两个区域——Kyrpides-Ouzounis-Woese（KOW）x-4与5结构域之间的连接区以及羧基末端重复序列（CTR）1——分别与启动子近端暂停和终止有关。在此，我们展示在HCT116人结肠癌细胞中，连接区、CTR1以及第三个区域CTR2中的磷酸化协同控制暂停释放、延伸速度和终止。阻止CTR1或CTR2磷酸化的突变分别不影响暂停或增加暂停，但当两个CTR同时突变时暂停减弱。CTR1磷酸化缺失减慢延伸并抑制新生转录，而同时突变CTR2可部分逆转这两种效应。然而，同时突变两个CTR对剪接、终止、稳态mRNA水平和细胞增殖具有叠加效应。因此，SPT5的三方磷酸化计时暂停释放并调节RNAPII延伸速率，以确保生产性转录和细胞活力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。