工程化结直肠癌类器官正向遗传筛选鉴定转移新调控因子 [crispr gRNA敲除筛选1]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE263580

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数据说明

癌症是全球第二大死因，这主要归因于向远端部位的转移性播散。转移性生长要求癌细胞从原发肿瘤脱离、侵入血管、在循环中存活、渗出血管，然后迁移至远端部位并增殖。转移的反复出现的遗传驱动因素一直难以确定，这表明与致癌转化和原发肿瘤发展的初始步骤不同，转移的驱动因素可能是多变的。在此，我们通过在一个遗传定义的结直肠腺癌肿瘤-类器官模型中应用基于CRISPR/Cas9的正向遗传筛选，建立了一个探究调控转移通路的框架。我们在体外进行侵袭和迁移筛选，同时在同系小鼠模型中进行原位体内筛选以检测转移潜能的获得，从而识别出既为体内环境所特有的、也为两种模型所共有的转移抑制因子。

具体而言，我们发现Ctnna1和Bcl2l13是真正的转移抑制因子，它们通过不同的机制发挥作用：CTNNA1缺失通过一种非典型的EMT样机制促进癌细胞侵袭和迁移，而BCL2L13缺失则促进细胞在脱离细胞外基质后的存活以及非细胞自主性的巨噬细胞极化变化。最终，本研究提供了一个原理验证，即在体内肿瘤类器官模型中可以进行高内涵正向遗传筛选，并识别出结肠癌转移的新调控因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。