GSE25945：离体转录谱揭示铜绿假单胞菌适应慢性感染宿主部位的共同关键基因集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25945

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

机会性致病菌铜绿假单胞菌是主要的医院获得性病原体，可引起严重的急性和慢性持续性感染。在感染过程中，铜绿假单胞菌迅速适应宿主体内的特定条件。本研究旨在鉴定在生物膜感染期间高表达的基因，例如囊性纤维化（CF）患者慢性感染肺部、烧伤创面和小鼠皮下肿瘤中的生物膜感染。我们在所有三种体内生境中发现了差异调控基因的共同子集，并评估了其失活是否影响细菌在体外形成生物膜以及在鼠模型中建立生物膜相关感染的能力。通过联合失活几个高表达基因，发现了对生物膜形成和宿主定植的累加效应。然而，即使联合失活也不足以完全阻止感染的建立。

这些发现可被解读为证据，表明要么冗余特征编码了对体内存活和慢性生物膜感染至关重要的功能，和/或细菌适应性在很大程度上独立于转录水平而实现。为了确定建立慢性传染病所必需的最小关键基因集，将不得不应用补充筛选方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。