胆囊腺癌前驱病变空间转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE259311

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数据说明

基因组学和表观基因组学研究支持胆囊腺癌按照化生-胆道上皮内瘤变(BilIN)-腺癌的组织发生序列发展，其中化生和BilIN是上皮的非癌性病变。此外，近期基因组数据提示腺癌可通过BilIN依赖性或非依赖性方式发展，指向患者特异性的肿瘤发生过程。针对这些过程的空间转录组学数据仍然缺失。在此，我们使用GeoMx数字空间分析(NanoString)表征了同一份样本中共存的正常胆囊上皮、BilIN和腺癌的空间转录组。为解决患者内变异性，我们对两名患者每份样本中大量感兴趣区域(ROIs)进行了全转录组分析(患者#1，81岁女性：24个ROIs；患者#2，53岁男性：32个ROIs)，每个ROI覆盖约200个正常上皮、低级别BilIN、高级别BilIN或腺癌细胞。

我们的结果表明，同一患者体内每种类型的病变在转录组层面表现出很小的变异性，但不同患者之间差异显著。结果还提示，腺癌可起源于高级别BilIN或低级别BilIN，在后一种情况下，共存的高级别BilIN通过一种不同的过程演变。我们还提供了强有力的证据支持患者特异性的肿瘤发生机制，其特征是信号通路激活的不同序列。在这些通路中，我们对SEMAPHORIN 4A（SEMA4A）进行了功能研究，并提供证据表明，正如在两名患者的胆囊样本中所观察到的，抑制SEMA4A表达可增强细胞迁移和存活，并扰乱上皮细胞的极性。总之，我们的结果支持胆囊腺癌按照患者特异性过程发展，而这一过程可通过抑制SEMA4A而得到促进。他们u

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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