GSE254942：多能性因子NANOG促进间质可塑性并预测食管腺癌预后

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE254942

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

尽管新辅助放化疗（CRT）已经问世，食管腺癌（EAC）的总生存率仍然很低。EAC细胞易于诱导的间充质转化是导致CRT耐药的原因之一。本研究旨在描绘CRT后细胞状态转变的异质性，并揭示其基础机制。对100例治疗前活检样本进行了RNA测序。RNA测序后，应用岭回归分析将基因表达与排序的可塑性相关联，并开发模型以预测患者的间充质转化。将三个最高显著性预测模型的可塑性评分预测投射到治疗前活检样本上，并与临床结局数据相关联。对与所有三个模型相关的基因进行基序富集分析，揭示NANOG是关键的相关转录因子。与此一致，治疗前活检样本中NANOG的表达与新辅助放化疗反应不佳、复发发生以及EAC患者中位总生存期差异（>48个月）高度相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。