EWSR1::FLI1融合癌蛋白调控ETS1的RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243279

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尤文肉瘤除引发疾病的染色体易位外，携带的突变较少，且这些肿瘤转移的机制基础仍知之甚少。尤文肉瘤（EWS）细胞的表观基因组反映了与融合癌蛋白EWSR1::FLI1或EWSR1::ERG的DNA结合活性相关基因的调控状态。在本研究中，我们考察了EWSR1::FLI1/ERG融合癌蛋白的抑制活性。聚焦于受EWSR1::FLI1/ERG抑制的靶基因之一ETS1，我们在该位点检测到EWSR1::FLI1的结合及H3K27me3抑制性标记。敲低EWSR1::FLI1导致ETS1结合启动子区域，并且我们证明ETS1调控多种在细胞外基质组织中发挥作用的蛋白质的表达，包括TENSIN3（TSN3）。有趣的是，EWS肿瘤中TSN3的表达与ETS1的表达显著相关（0.85，FDR <0.01）。TNS3是一种黏着斑蛋白，通过将整合素的胞质尾区与肌动蛋白细胞骨架连接而促进肿瘤细胞迁移。在我们激活ETS1表达（CRISPRa）的EWS细胞系中，TNS3表达增加并表现出迁移表型。

关键的是，激活的ETS1 EWS细胞系显示TNS3在细胞前缘积累，伴随F-肌动蛋白细胞骨架重组，这一表型与细胞迁移相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。