基于METTL3的表观转录组编辑筛选鉴定癌症中功能性m6A位点

该数据集为GSE242447,标题为基于METTL3的表观转录组编辑筛选鉴定癌症中功能性m6A位点,来源站为ncbi.nlm.nih.gov,本站分类为肿瘤/其他

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基因组分类GPL185739606
GSE242447: METTL3-based epitranscriptomic editing screening identifies functional m6A sites in cancers

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

基于METTL3的表观转录组编辑筛选鉴定癌症中功能性m6A位点

GSE242447 是一个以“基于 METTL3 的表观转录组编辑筛选鉴定癌症中功能性 m6A 位点”为主题的公开数据集,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,本站将其归类于肿瘤 / 其他方向。该数据集由作者 Xin、Xu 提交,发布时间为 Sep 06 202,主题标签涵盖高通量测序表达谱分析、GPL18573 平台以及物种编号 9606。数据集当前提供 1 个文件,文件样例为 GSE242447_series_matrix.txt.gz。整体来看,该数据集面向癌症中 m6A 相关功能位点的鉴定研究,适合关注表观转录组编辑、METTL3 介导的 m6A 修饰以及肿瘤分子机制的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集标题为“METTL3-based epitranscriptomic editing screening identifies functional m6A sites in cancers”,即基于 METTL3 的表观转录组编辑筛选鉴定癌症中功能性 m6A 位点。从标题可以看出,其研究背景涉及 METTL3 这一 m6A 甲基转移酶相关的表观转录组编辑筛选,目标是在癌症背景下识别具有功能的 m6A 位点。本站分类为肿瘤 / 其他,说明该数据集在应用领域上归属于肿瘤研究,但未进一步细分到特定癌种或特定子方向。源站描述仅说明“This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.”,即该 SuperSeries 由下方列出的子系列组成,未提供更详细的研究背景、实验设计或生物学假设。

【数据内容】

该数据集的文件数量为 1,文件样例为 GSE242447_series_matrix.txt.gz。从文件名称来看,其内容以系列矩阵形式组织,并采用 GZIP 压缩格式存储。主题标签中包含“Expression profiling by high throughput sequencing”,表明数据与高通量测序表达谱分析相关;同时包含 GPL18573 平台信息和物种编号 9606。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、分组方式、测序深度、表达矩阵字段、注释信息或具体数据表结构的进一步说明。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Xin、Xu,发布时间为 Sep 06 202。源站描述仅指出该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成,未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、实验处理条件或测序平台的具体操作流程。主题标签中的 GPL18573 和 9606 分别对应平台与物种层面的标识信息,但源站未提供更详细的采集与来源说明。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于与癌症中 m6A 功能位点鉴定相关的研究场景,尤其是围绕 METTL3 介导的表观转录组编辑筛选所展开的分析。由于主题标签涉及高通量测序表达谱分析,该数据也可用于表达谱层面的探索性分析。本站分类为肿瘤 / 其他,因此适合肿瘤学、表观转录组学以及 RNA 修饰相关方向的研究人员作为参考数据使用。源站未提供关于具体适用分析类型、可支持的统计方法或可验证生物学结论的更多说明。

【使用方法】

使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE242447_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,读取前需按相应格式进行解压或直接以支持 GZIP 的方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段含义、编码方式或样本标识不一致而导致后续分析错误。源站未提供关于数据预处理、标准化、质量控制或分析流程的具体步骤。

【质量与限制】

该数据集当前仅提供 1 个文件,文件样例为 GSE242447_series_matrix.txt.gz。源站描述仅说明其为 SuperSeries 并由 SubSeries 组成,未提供关于数据完整性、样本量、重复性、批次效应、缺失值比例或技术验证的详细信息。发布时间为 Sep 06 202,年份信息不完整。由于缺乏更详细的元数据和质量控制说明,使用者在批量接入和分析前应自行核对数据字段与编码,并谨慎解释分析结果。源站未提供关于数据质量评估或使用限制的进一步说明。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Xin、Xu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供关于引用格式、许可协议、使用条款或再分发限制的具体信息。如需引用或使用该数据集,建议访问来源站页面获取最新的引用与许可说明。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE242447

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below. GSE242444 GSE242446 GSE255792 GSE255794 GSE312888 GSE312890

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