恶性外周神经鞘瘤与良性神经纤维瘤组织的基因表达谱

该数据集来自NCBI GEO,包含恶性外周神经鞘瘤(MPNST)与良性神经纤维瘤组织的基因表达谱数据,属于欧洲多中心研究的一部分

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL175869606
GSE241224: Gene expression profiling of malignant peripheral nerve sheath tumors (MPNSTs) and benign neurofibroma tissue samples.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

恶性外周神经鞘瘤与良性神经纤维瘤组织的基因表达谱

GSE241224 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达谱数据集,主题为恶性外周神经鞘瘤(MPNST)与良性神经纤维瘤组织样本的基因表达分析。该数据集是欧洲一项关于 MPNST 的多中心研究的组成部分,其表达数据曾用于转录组亚型划分、基因集富集分析以及与 DNA 拷贝数数据的整合。数据集以芯片表达谱为主,附带系列矩阵文件,适合关注外周神经鞘瘤良恶性差异表达与分子分型的研究者使用。整体而言,该数据集提供了 MPNST 与良性神经纤维瘤对照的表达谱资源,可用于探索两类组织在转录层面的差异,并为后续整合分析提供基础。

【数据集背景】

恶性外周神经鞘瘤(MPNST)是一种与神经纤维瘤病相关的恶性软组织肿瘤,良性神经纤维瘤则是其常见的良性对照组织。该数据集围绕这两类组织的基因表达谱展开,属于欧洲多中心 MPNST 研究的一部分。源站描述指出,相关表达分析被用于转录组亚型划分、基因集富集分析以及与 DNA 拷贝数数据的整合,说明该数据集在设计上服务于 MPNST 分子层面的系统研究,而非单一组织的描述性表达检测。

【数据内容】

数据集提供的是基因表达谱数据,覆盖恶性外周神经鞘瘤与良性神经纤维瘤组织样本。主题标签显示其属于芯片表达谱(Expression profiling by array),涉及平台 GPL17586 与物种编号 9606(人类)。数据集文件数量为 1,文件样例为 GSE241224_series_matrix.txt.gz,即一个 GZIP 压缩的系列矩阵文件,通常用于承载样本层面的表达矩阵及系列元信息。源站未提供样本数量、基因数量、分组比例等更细的统计信息。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),作者为 Maren、Høland,发布时间为 Aug 18 202(源站所载日期原文如此)。源站描述说明该表达分析是欧洲多中心 MPNST 研究的一部分,数据被用于转录组亚型划分、基因集富集分析和 DNA 拷贝数数据整合。除上述信息外,源站未提供具体的样本采集地点、伦理审批、纳入排除标准等细节。

【适用场景】

基于源站描述,该数据集适用于 MPNST 的转录组亚型探索、基因集富集分析,以及与 DNA 拷贝数数据的联合分析;同时也可用于 MPNST 与良性神经纤维瘤之间的差异表达比较。由于主题标签为芯片表达谱,适合以芯片数据流程进行处理。源站未提供该数据集在其他具体疾病或应用场景中的使用说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE241224_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码不一致导致的分析偏差。源站未提供具体的预处理步骤、归一化方法或分析代码。

【质量与限制】

数据集文件数量为 1,主要以系列矩阵形式提供,源站未提供原始芯片文件、样本级质控指标或批次信息。发布时间字段在源站中显示为 Aug 18 202,年份信息不完整。源站未提供样本量、平台探针数、数据完整性评估等质量相关细节,使用时需自行核对数据内容与适用范围。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款。使用时建议遵循 NCBI GEO 的通用数据使用规范,并参考源站页面获取最新说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE241224

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们作为欧洲多中心MPNST研究的一部分,进行了基因表达分析。这些数据被用于转录组亚型分型、基因集富集分析以及与DNA拷贝数数据的整合。

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