可复制重组HPV16 E7表达病毒上调C33A细胞CD36

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE240750

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：过去几十年中，高危型HPV（HR-HPV）感染在癌症发病机制中的作用已被广泛研究。在癌前细胞中表达的病毒E7蛋白已被确定为免疫干预的理想靶点。然而，HPV的体外培养仍是一项重大挑战，同时缺乏表达HPV E7蛋白及生成具有复制能力的重组病毒颗粒的方法，这严重阻碍了对E7癌蛋白功能及致癌机制的进一步探索。因此，亟需研究新方法以构建表达HPV E7蛋白的具有复制能力的重组病毒颗粒，从而促进其功能研究。方法：我们利用ccdB-Kan正向/反向筛选系统结合Red/ExoCET重组系统，启动了重组病毒颗粒的构建。随后用获得的重组病毒感染C33A细胞，以实现HPV16 E7的持续表达。

随后，提取总RNA并利用RNA-Seq技术进行转录组测序，以鉴定与HPV诱导的致癌性相关的差异表达基因。结果：我们成功建立了稳定、持续表达HPV16 E7的复制型重组病毒颗粒。用重组病毒颗粒感染C33A细胞以实现E7蛋白的过表达。随后，进行RNA-Seq分析以评估宿主细胞基因表达的变化。结果显示CD36基因上调，该基因与HPV诱导的致癌通路相关，包括PI3K-Akt和p53信号通路。qRT-PCR分析进一步证实，CD36基因的上调是由HPV16 E7的表达所致。结论：HPV16 E7在细胞中的成功表达表明，复制的重组病毒保留了复制

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。