转染GD3S的肝内胆管癌细胞系转录谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE238179

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

糖鞘脂（GSL）是一类质膜脂质，已被提出作为癌症干细胞（CSC）的标志物。特别是，含唾液酸的GSL——神经节苷脂（GS），已在多种癌症的恶性表型及肿瘤干细胞样细胞中研究其作用，但尚无关于人胆管癌（CCA）的数据。本研究旨在提供人CCA中干细胞样亚群及其亲本细胞的GSL和GS谱图。实验部分。使用肝内CCA细胞（HUCCT1、CCLP1）。通过球体培养（SPH）富集干细胞样亚群，并与以单层培养（MON）生长的亲本细胞进行比较。通过色谱分析方法测定CCA的GS模式，并通过用3H-鞘氨醇喂养细胞来评估其分子种类鉴定。使用D-苏式-1-苯基-2-棕榈酰氨基-3-N-吗啉-1-丙醇（PPMP，葡萄糖神经酰胺合酶抑制剂）和CCA GD3S转染细胞研究GS在调节干细胞特征中的作用。对FACS分选的GD2+ SPH细胞与GD2- SPH细胞进行比较，检测干细胞样基因表达。通过RT-qPCR分析球体形成不同时间点的GS生物合成酶。

结果：在两种CCA细胞系中，与MON相比，SPH在特定鞘脂（Cer、Gb3、SM）以及总GS含量方面显示出剧烈变化。与MON相反，CCA-SPH显示GM3含量增加、GM2减少；在复杂GS中，GD1a强烈增加并出现GD2，这一发现也得到CCA-SPH中GM3合酶以及GD3-和GM2/GD2合酶高表达水平的佐证。值得注意的是，成球能力和CSC相关基因的表达受到PPMP的影响。重要的是，已发现与GD2可用性相关的癌症干细胞特征并非由神经节苷脂GD2合酶引起，而是取决于GD3S酶，即提供神经节苷脂GD2前体（GD3）的合酶。因此，我们用GD3S稳定转染了CCLP1和HUCCT1细胞

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。