发育中Atoh1谱系单细胞转录组图谱：后脑神经命运决定与神经元多样性[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE233856

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

前神经转录因子建立分子级联以协调神经元多样性。其中一个这样的转录因子Atoh1产生小脑兴奋性神经元以及脑干中30多个对听觉、呼吸和平衡至关重要的不同核团。尽管对源自Atoh1谱系的神经元已有定性描述，但驱动其命运决定的转录程序及其多样性的完整范围仍不清楚。在此，我们分析了发育中小鼠后脑中Atoh1谱系神经元的单细胞RNA测序和ATOH1 DNA结合。这一高分辨率数据集揭示了特定脑干核团的新标记物，并表明转录异质性的祖细胞需要ATOH1才能正确迁移。此外，我们在小鼠Atoh1谱系中鉴定出一个相当大的增殖性单极刷细胞祖细胞，此前被描述为一种髓母细胞瘤亚型的起源。总体而言，我们的数据揭示了对发育中小鼠后脑前所未有的见解，并为功能评估研究较少的神经元群体提供了标记物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。