泄漏型人结肠模型揭示早期Clostridioides difficile毒素暴露中顶端/基底细胞毒性解偶联

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE223605

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数据说明

艰难梭菌（Clostridioides difficile，C. difficile）毒素A（TcdA）和毒素B（TcdB）可引起抗生素相关性结肠炎，增加发病率和死亡率。准确的体外模型对于检测早期毒性动力学、探究疾病病因以及开发新疗法的临床前模型至关重要。癌细胞系和类器官的固有特性限制了这些研究。我们开发了具有屏障功能的成体干细胞来源的分化人结肠上皮（hCE）单层细胞，研究了毒素施加于单层细胞顶端/基底侧的影响，并评估了渗漏性上皮屏障是否会增强毒性。单细胞RNA测序（scRNAseq）将艰难梭菌相关基因定位到人肠道上皮细胞谱系。转录组学指导了干细胞分化时机的选择，以实现体外结肠细胞成熟，类似于体内观察到的状态。跨上皮电阻（TEER）和荧光葡聚糖通透性实验通过毒素暴露后屏障丧失来测量细胞毒性。使用双氯芬酸诱导渗漏性上皮屏障。scRNAseq显示毒素受体在人肠道各谱系中广泛且可变表达。

吸收性结肠细胞通常表现出增强的毒素受体、Rho GTPase和细胞连接表达。分化22天的Caco-2细胞仍保持未成熟状态，而hCE单层则类似于成熟结肠细胞。hCE单层在分化1天后即表现出高屏障功能。向单层基底侧施加TcdA/B会导致更强的毒性和细胞凋亡。双氯芬酸诱导hCE单层出现渗漏并增强顶端TcdB暴露的毒性。顶端与基底侧的毒性是不耦合的，基底侧毒性起效更快且幅度更大。渗漏的细胞旁连接增强了顶端TcdB暴露的毒性。hCE单层代表了一种生理相关且敏感的培养系统，可用于评估微生物毒素对肠道上皮的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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