神经母细胞瘤浸润骨髓的单细胞ATAC测序数据

资源简介

神经母细胞瘤浸润骨髓的单细胞ATAC测序数据

GSE216175 是一个聚焦于神经母细胞瘤浸润骨髓的单细胞水平染色质可及性测序数据集。该数据集通过单细胞 ATAC 测序技术，对 16 例有或无神经母细胞瘤浸润的骨髓样本进行了全基因组范围的染色质开放状态分析。样本覆盖了多种神经母细胞瘤模型，包括 MYCN 扩增型、ATRX 突变型以及散发性（即不携带上述两种改变）模型，为研究神经母细胞瘤在骨髓微环境中的表观遗传调控特征提供了单细胞分辨率的数据基础。数据集来源于 NCBI，当前在本站归类于肿瘤 / 其他方向，包含 1 个数据文件，即 GSE216175_series_matrix.txt.gz。

【数据集背景】

神经母细胞瘤是儿童期常见的实体肿瘤，骨髓是其常见的转移部位之一。肿瘤细胞浸润骨髓后，与骨髓微环境之间的相互作用在疾病进展中扮演重要角色。染色质可及性图谱能够反映基因调控元件的活跃状态，而单细胞 ATAC 测序则可以在单个细胞层面解析细胞异质性。该数据集正是针对这一背景，对神经母细胞瘤浸润及未浸润的骨髓样本进行单细胞 ATAC 测序，旨在从表观遗传层面刻画肿瘤浸润相关的变化。样本覆盖 MYCN 扩增、ATRX 突变和散发性等多种神经母细胞瘤模型，有助于比较不同分子亚型在骨髓浸润场景下的染色质状态差异。

【数据内容】

该数据集的核心内容为单细胞 ATAC 测序数据，研究对象为 16 例骨髓样本，这些样本分别来自有神经母细胞瘤浸润和无神经母细胞瘤浸润的情况。数据在单细胞分辨率下覆盖全基因组范围的染色质可及性信息。样本所涉及的神经母细胞瘤模型包括三类：MYCN 扩增型、ATRX 突变型以及散发性（即缺乏上述两种改变）模型。数据集当前提供 1 个文件，文件名为 GSE216175_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。该文件为系列矩阵文件，通常用于汇总样本层面的元数据与表达或可及性信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 旗下的公共数据资源。数据由作者 Irfete S Fetahu 提交，发布时间标注为 Oct 20 202。主题标签包括 Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL24676 以及 9606。其中 GPL24676 为平台编号，9606 为人类物种分类编号。这些信息表明该数据集是基于高通量测序平台对人类样本进行的基因组结合/占据谱分析。数据集的英文名称为 GSE216175: Single cell ATAC sequencing data of neuroblastoma infiltrated bone marrow，源站标题与英文名称一致。

【适用场景】

该数据集适用于神经母细胞瘤骨髓浸润相关的表观遗传研究。具体而言，可用于比较有浸润与无浸润骨髓样本之间染色质可及性模式的差异，探索肿瘤微环境中不同细胞类型的调控状态。由于样本覆盖 MYCN 扩增、ATRX 突变和散发性模型，该数据也可用于不同神经母细胞瘤分子亚型之间的单细胞表观遗传特征比较。此外，该数据可用于单细胞 ATAC 测序分析方法的验证、细胞类型注释、调控元件识别以及转录因子结合motif分析等通用分析流程。对于关注儿童肿瘤骨髓转移机制的研究者，该数据集提供了单细胞分辨率的染色质层面信息。

【使用方法】

使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE216175_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，读取前需按相应格式进行解压或直接以支持 GZIP 的方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据结构和注释信息无误后，再进行批量接入与分析。由于该文件为系列矩阵文件，通常包含样本层面的元数据以及可及性汇总信息，可结合单细胞 ATAC 测序的标准分析流程进行后续处理，例如质控、比对、peak calling、降维聚类和差异可及性分析等。具体分析步骤应根据研究目的和所用工具链进行调整。

【质量与限制】

该数据集包含 16 例骨髓样本，样本量相对有限，可能影响统计功效和结论的普适性。样本覆盖 MYCN 扩增、ATRX 突变和散发性模型，但并非所有神经母细胞瘤分子亚型均有覆盖。数据集当前仅提供 1 个系列矩阵文件，可能不包含原始测序读段或完整的中间处理文件，因此部分深入分析可能受限于数据粒度。此外，发布时间标注为 Oct 20 202，年份信息不完整，可能影响对数据时效性的判断。其他关于数据质量、测序深度、细胞数量、比对率等具体指标，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Irfete S Fetahu。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。引用时应参考源站提供的正式引用信息。关于该数据集的具体许可条款、使用限制以及再分发条件，源站未提供。