神经母细胞瘤浸润骨髓的单细胞RNA测序数据

资源简介

神经母细胞瘤浸润骨髓的单细胞RNA测序数据

GSE216155 是一个聚焦于神经母细胞瘤浸润骨髓的单细胞 RNA 测序数据集，其英文全称为 Single cell RNA sequencing data of neuroblastoma infiltrated bone marrow。该数据集通过单细胞分辨率的转录分析，对 16 例有或无神经母细胞瘤浸润的骨髓样本进行了研究，样本覆盖 MYCN 扩增、ATRX 突变以及散发性（即缺乏上述两种改变）等多种神经母细胞瘤模型。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，在本站归类于肿瘤 / 其他方向，包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE216155_series_matrix.txt.gz。该数据集由 Irfete S Fetahu 提交，发布时间为 Oct 20 202，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL24676 平台以及 9606 物种分类，为研究神经母细胞瘤骨髓浸润的细胞异质性提供了单细胞层面的转录组资源。

【数据集背景】

神经母细胞瘤是起源于神经嵴的胚胎性肿瘤，骨髓是其常见的转移部位之一，骨髓浸润状态与疾病分期和预后密切相关。然而，骨髓微环境中肿瘤细胞与正常造血细胞之间的相互作用、以及不同遗传背景肿瘤对骨髓生态的影响，仍需要更高分辨率的转录组数据加以解析。GSE216155 正是针对这一需求，对神经母细胞瘤浸润骨髓开展单细胞 RNA 测序，旨在从单个细胞层面刻画骨髓样本中肿瘤浸润相关转录特征。该数据集覆盖了 MYCN 扩增、ATRX 突变和散发性三种神经母细胞瘤模型，为比较不同分子亚型在骨髓浸润中的表现提供了基础数据。

【数据内容】

该数据集的核心内容是单细胞 RNA 测序数据，来源于 16 例骨髓样本，这些样本包含有神经母细胞瘤浸润和无神经母细胞瘤浸润两种情况。样本所覆盖的神经母细胞瘤模型包括 MYCN 扩增型、ATRX 突变型以及散发性（即不携带上述两种改变）类型。数据集的文件数量为 1，样例文件名为 GSE216155_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩格式。主题标签显示其属于高通量测序表达谱分析，涉及 GPL24676 平台和 9606（人类）物种。除上述信息外，源站未提供更详细的细胞数量、基因数量或聚类结果等具体内容。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 基因表达综合数据库（GEO）体系下的数据条目。数据集由作者 Irfete S Fetahu 提交，发布时间为 Oct 20 202。源站描述指出，该研究报道了 16 例有或无神经母细胞瘤浸润的骨髓样本的单细胞分辨率转录分析，样本跨越多种神经母细胞瘤模型。关于样本的具体采集地点、伦理审批信息、患者人口学特征或临床随访信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经母细胞瘤骨髓浸润相关的单细胞转录组研究，可用于探索肿瘤浸润骨髓中不同细胞类型的表达特征、比较 MYCN 扩增型、ATRX 突变型与散发性神经母细胞瘤模型在骨髓微环境中的转录差异，也可作为单细胞分析流程的测试数据或参考数据。此外，对于关注骨髓转移微环境、神经母细胞瘤分子分型与转录异质性的研究者，该数据集提供了可用的单细胞测序资源。由于数据涉及人类样本，使用时应遵循相应的数据访问和伦理规范。

【使用方法】

使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE216155_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，读取时需按 GZIP 格式进行解压或直接以相应方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据格式、样本标识和表达矩阵结构无误后，再批量接入后续分析流程。由于该数据集为单细胞 RNA 测序数据，常规分析可能涉及质控、归一化、降维聚类、细胞类型注释以及差异表达分析等步骤，但具体分析策略需根据研究目的和数据实际结构确定。源站未提供配套的分析代码或流程说明。

【质量与限制】

该数据集的文件数量为 1，样例文件为 GSE216155_series_matrix.txt.gz，属于压缩格式的表达矩阵文件。源站未提供关于测序深度、细胞存活率、批次效应、技术重复或数据完整性等方面的具体质量指标。样本量为 16 例骨髓样本，覆盖三种神经母细胞瘤模型，但源站未说明每种模型的具体样本数分布、是否包含生物学重复或技术重复。此外，源站未提供临床元数据、生存信息或验证实验数据，因此在使用该数据集进行结论推导时，应结合自身研究设计和外部验证加以审慎判断。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Irfete S Fetahu，发布时间为 Oct 20 202，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的正式引用格式、许可协议、使用条款或数据共享限制，源站未提供。使用者在发表研究成果或进行二次分析时，应直接访问源站页面获取最新的引用要求和许可信息。