靶向Ewing肉瘤细胞:小分子YK-4-279处理与DHX9解旋酶下调

该数据集来自NCBI GEO,聚焦Ewing肉瘤细胞中DHX9解旋酶的功能研究。通过shRNA靶向DHX9基因或使用小分子YK-4-279干扰EWS_FLI1/DHX9相互作用,结合高通量测序进行表达谱分析,数据可用于探究DHX9在Ewing肉瘤细胞生长与增殖中的作用及相关分子机制(来源 NCBI)

geo
浏览 2
基因组分类GPL185739606
GSE214257: Targeting Ewing sarcoma cells via small molecule YK-4-279 treatment and downregulation of DHX9 helicase [1]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-30

资源简介

靶向Ewing肉瘤细胞:小分子YK-4-279处理与DHX9解旋酶下调

GSE214257 数据集来自 NCBI GEO,围绕 Ewing 肉瘤细胞中 DHX9 解旋酶的功能展开研究。该数据集通过两种干预方式——以 shRNA 靶向 DHX9 基因,或使用小分子 YK-4-279 干扰 EWS_FLI1/DHX9 相互作用——结合高通量测序进行表达谱分析,用于探究 DHX9 在 Ewing 肉瘤细胞生长与增殖中的作用及相关分子机制。数据集归类为肿瘤/其他,包含 1 个数据文件,主题涉及高通量测序表达谱分析,物种为人(9606),平台为 GPL18573。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量限制与引用许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

Ewing 肉瘤是一种肿瘤相关研究对象,本数据集关注其中 DHX9 解旋酶的功能。源站描述指出,研究目的是调查 DHX9 在 Ewing 肉瘤细胞生长和增殖中的功能,具体通过 shRNA 靶向 DHX9 基因,或通过 YK-4-279 处理来干预 EWS_FLI1/DHX9 相互作用。该数据集即围绕上述两种干预策略产生的表达谱数据,主题标签为 Expression profiling by high throughput sequencing,物种标识为 9606,平台编号为 GPL18573。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE214257_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。该文件以系列矩阵形式组织,可用于查看样本层面的表达谱信息。数据集主题标签包括高通量测序表达谱分析、GPL18573 平台以及人(9606)物种信息。除上述文件与标签外,源站未提供更细化的样本数量、分组结构或基因层面注释信息。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Targeting Ewing sarcoma cells via small molecule YK-4-279 treatment and downregulation of DHX9 helicase”。作者信息记为 M、P、Paronetto,发布时间为 Sep 27 202。数据集通过高通量测序获取表达谱,实验设计涉及 shRNA 靶向 DHX9 以及 YK-4-279 小分子处理两种方式。数据经 GEO 系列矩阵形式整理发布,供下载使用。

【适用场景】

该数据集适用于研究 Ewing 肉瘤细胞中 DHX9 解旋酶的功能,特别是其在细胞生长与增殖中的作用;也适用于分析 EWS_FLI1/DHX9 相互作用被 YK-4-279 干扰后的表达谱变化,以及 shRNA 下调 DHX9 后的转录响应。由于采用高通量测序表达谱,可用于差异表达分析、通路层面探索及相关分子机制研究。具体分析设计需结合源站提供的样本信息进行。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE214257_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。该文件为系列矩阵形式,读取后可用于表达谱层面的比较与可视化。由于数据集仅含 1 个文件,使用时应以该矩阵文件为主要数据入口,并结合源站描述理解实验分组与干预条件。

【质量与限制】

数据集文件数量为 1,内容以系列矩阵为主,源站未提供样本量、重复数、测序深度、质控指标等细节,使用时需自行核对数据完整性与字段含义。发布时间记为 Sep 27 202,年份信息不完整,源站未提供更明确的日期说明。数据集分类为肿瘤/其他,主题标签包含平台与物种信息,但源站未提供更详细的临床或样本注释。分析结论应结合实验设计与源站描述谨慎解读。

【引用与许可】

源站未提供明确的许可条款与引用规范。使用该数据集时,建议参照 NCBI GEO 的通用引用要求,并引用源站标题及作者信息(M、P、Paronetto)。具体许可与使用限制需以源站页面说明为准,源站未提供进一步信息。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求?千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE214257

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为探究DHX9在尤文肉瘤细胞生长和增殖中的功能,我们通过shRNA靶向DHX9基因,或通过YK-4-279处理靶向EWS_FLI1/DHX9相互作用。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?

公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。