胆管癌及癌旁组织单细胞水平基因表达谱

资源简介

胆管癌及癌旁组织单细胞水平基因表达谱

GSE213452 是一个聚焦胆管癌（cholangiocarcinoma，CCA）及其癌旁组织的单细胞水平基因表达数据集，来源于 NCBI GEO 数据库。该数据集通过单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）技术，分析胆管癌与癌旁组织中细胞的基因表达多样性，重点关注复杂 CCA 微环境中的多种肿瘤相关细胞。数据集以高通量测序表达谱为特征，包含 1 个数据文件，即 GSE213452_series_matrix.txt.gz，由作者 Zongli，Zhang 发布。整体而言，该数据集为研究胆管癌微环境中细胞异质性提供了单细胞分辨率的表达谱资源，适用于肿瘤微环境与相关细胞类型的研究场景。

【数据集背景】

胆管癌是一种发生在胆管上皮的恶性肿瘤，其肿瘤微环境由多种细胞类型共同构成，细胞间的相互作用与表达差异对疾病机制研究具有重要意义。传统的批量表达谱分析难以区分不同细胞类型的贡献，而单细胞 RNA 测序能够在单个细胞水平上刻画基因表达特征。该数据集正是基于这一背景，针对胆管癌及癌旁组织开展单细胞水平的基因表达谱分析，旨在解析复杂 CCA 微环境中多种肿瘤相关细胞的表达多样性。数据集的主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”，体现了其以高通量测序为主要技术手段的表达谱研究定位。

【数据内容】

该数据集的核心内容是胆管癌（CCA）及癌旁组织来源细胞的单细胞水平基因表达谱。研究利用 scRNA-seq 分析 CCA 与癌旁组织中细胞的基因表达多样性，关注复杂 CCA 微环境中的多种肿瘤相关细胞。数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE213452_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式存储。从分类上看，该数据集归属于肿瘤 / 其他类别，主题标签中还包含 GPL24676 与 9606，分别对应平台与物种相关的标识信息。数据内容围绕表达谱展开，未涉及其他类型的数据文件。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“Gene expression profile at single cell level of cells from cholangiocarcinoma(CCA) and adjacent tissues.”。数据由作者 Zongli，Zhang 发布，发布时间为 Sep 15 202。采集对象为胆管癌及癌旁组织中的细胞，采集方式为单细胞 RNA 测序，用于获取单细胞水平的基因表达信息。源站描述指出，研究关注复杂 CCA 微环境中的多种肿瘤相关细胞，并通过 scRNA-seq 分析 CCA 与癌旁组织中细胞的基因表达多样性。除上述信息外，样本的具体数量、测序平台细节及组织处理流程等源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于胆管癌微环境相关的表达谱研究场景，尤其是需要在单细胞分辨率下考察 CCA 与癌旁组织之间细胞基因表达差异的分析。由于数据聚焦复杂 CCA 微环境中的多种肿瘤相关细胞，可用于探索肿瘤相关细胞类型的表达特征与多样性。其高通量测序表达谱的属性也使其适合作为单细胞转录组分析的基础数据，用于细胞类型识别、表达模式比较等通用研究用途。具体的研究设计细节与可支持的结论范围，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE213452_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，读取时需按相应格式进行解压与解析。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因格式或编码问题导致的分析偏差。由于数据集仅包含 1 个文件，使用流程相对集中，主要围绕该系列矩阵文件展开。关于具体的分析流程、参数设置及配套元数据，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的文件数量为 1，数据规模与样本组成的具体信息源站未提供。发布时间为 Sep 15 202，其余时间与版本信息源站未提供。由于仅提供系列矩阵文件，数据的使用受限于该文件所包含的内容范围；关于测序深度、细胞数量、质控指标等质量相关信息，源站未提供。使用者在分析前应自行核对数据字段与编码，并结合研究目的评估适用性。数据集未提供额外的注释文件或配套文档说明，相关限制需在使用中加以考虑。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Zongli，Zhang，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名为 GSE213452。关于引用格式、许可条款及使用限制，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应参考源站的相关规定，源站未提供的内容不作推测。