合成无CpG单链DNA插入诱导的CIMR工程化多能DNA甲基化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE210680

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

合成性无CpG DNA的整合在侧翼CpG岛诱导从头DNA甲基化。细胞分化需要DNA甲基化（DNAme）的全局性改变，其功能在于调控转录因子和染色质重塑活性以及基因组解读。在此，我们描述了一种在多能干细胞（PSCs）中简便的DNAme工程化方法，该方法可延伸跨越大片CpG密集的“岛（CGIs）”。合成性无CpG单链DNA（ssDNA）的整合在多种PSC细胞系、Nt2d1胚胎癌细胞和小鼠PSCs中诱导了靶向CpG岛甲基化响应（CIMR），但在高度甲基化的CpG岛甲基化表型（CIMP）阳性癌症细胞系中则不然。MLH1处的CIMR DNAme跨越CGI，在细胞分化全程中稳定维持，抑制靶基因活性，并使衍生心肌细胞和胸腺上皮细胞对化疗药物顺铂敏感。此外，在TP53和ONECUT1 CGIs上还报道了额外的CIMR DNAme。总体而言，这一新资源使得在多能性状态下进行全CpG岛DNAme工程化成为可能，并为发育与疾病的新型表观遗传模型的开创提供了条件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。