恶病质血液肿瘤小鼠炎性单核细胞基因表达谱

该数据集为GSE210003,收录恶病质血液肿瘤小鼠炎性单核细胞的基因表达谱,采用高通量测序进行表达谱分析,物种为小鼠(10090),平台为GPL21103

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基因组分类GPL2110310090
GSE210003: Gene expression profile of inflammatory monocytes in cachectic blood cancer mice

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-26

资源简介

恶病质血液肿瘤小鼠炎性单核细胞基因表达谱

GSE210003 是一个聚焦于恶病质血液肿瘤小鼠模型的研究数据集,主题为炎性单核细胞的基因表达谱。该数据集通过高通量测序技术对相关细胞群体的表达情况进行刻画,物种为小鼠(分类标识 10090),测序平台为 GPL21103。数据集以 SuperSeries 形式组织,其源站描述说明该 SuperSeries 由下列若干 SubSeries 组成。数据集共包含 1 个文件,样例文件为 GSE210003_series_matrix.txt.gz,属于肿瘤领域的其他类数据资源,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Yoshihiro,Hayashi,发布时间为 Jul 28 202。整体而言,该数据集为研究血液肿瘤背景下恶病质状态与炎性单核细胞基因表达特征之间的关系提供了可用的表达谱资料。

【数据集背景】

该数据集围绕恶病质血液肿瘤小鼠模型展开。恶病质是肿瘤等慢性疾病中常见的消耗性状态,而炎性单核细胞是免疫系统中与炎症反应密切相关的一类细胞群体。数据集旨在记录这一特定病理背景下炎性单核细胞的基因表达谱,从而为理解肿瘤相关恶病质中单核细胞炎症特征的分子基础提供数据支持。数据集标题明确指向“cachectic blood cancer mice”中的“inflammatory monocytes”,说明其研究对象并非泛化的肿瘤模型,而是限定于恶病质状态下的血液肿瘤小鼠,并聚焦于炎性单核细胞这一细胞类型。

【数据内容】

数据集的核心内容是基因表达谱数据,采用高通量测序进行表达谱分析。数据集以 SuperSeries 的形式发布,源站描述指出该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,表明其数据组织上可能包含若干子系列,但具体子系列的数量与内容源站未提供。数据集文件数量为 1,文件样例为 GSE210003_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件,通常用于汇总表达谱数据及其样本注释信息。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL21103 和 10090,分别对应高通量测序表达谱分析、测序平台编号以及小鼠物种标识。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 基因表达数据库体系下的数据集。作者为 Yoshihiro,Hayashi,发布时间为 Jul 28 202。物种为小鼠(10090),平台为 GPL21103。关于样本的具体采集方法、实验设计细节、测序深度、生物学重复数量等信息,源站未提供。数据集的分类归属为肿瘤 / 其他,说明其在主题分类上被归入肿瘤相关领域下的其他类别。

【适用场景】

该数据集适用于与肿瘤恶病质、血液肿瘤、炎性单核细胞及基因表达调控相关的研究场景。研究者可将其用于探索恶病质状态下炎性单核细胞的表达特征,或作为同类研究的参照表达谱数据。由于采用高通量测序平台 GPL21103 且物种为小鼠,该数据适合在小鼠模型背景下进行转录组层面的比较分析与假设生成。具体可支持的统计比较或验证用途需结合数据实际内容判断,源站未提供更详细的适用性说明。

【使用方法】

使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE210003_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式,读取前需按相应格式进行解压与解析。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因编码或字段理解偏差导致的数据处理错误。由于数据集以 SuperSeries 形式组织,使用时应留意其与下属 SubSeries 之间的层级关系,具体子系列信息源站未提供。

【质量与限制】

该数据集文件数量为 1,数据规模相对有限,使用时应关注其是否足以支撑所计划的分析。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,未提供样本量、测序质量指标、重复数、归一化方法等质量相关信息,因此无法对数据质量作出具体评价。此外,数据集聚焦于特定小鼠模型与特定细胞类型,结论外推到其他物种、其他肿瘤模型或其他细胞群体时需谨慎。发布时间为 Jul 28 202,年份信息不完整,源站未提供完整日期。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Yoshihiro,Hayashi,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。使用时应遵循源站的引用规范与数据使用条款。关于该数据集的具体许可协议、引用格式要求等信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE210003

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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